Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://ri.ufmt.br/handle/1/719
Tipo documento: Dissertação
Título: Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condição de privação de ferro por sequenciamento de nova geração
Autor(es): Silva, Mayara Inácio Vincenzi da
Orientador(a): Dutra, Valéria
Coorientador: Nakazato, Luciano
Membro da Banca: Dutra, Valéria
Membro da Banca: Pacheco, Richard de Campos
Membro da Banca: Oliveira Filho, João Xavier de
Membro da Banca: Pescador, Caroline Argenta
Resumo : Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises globais de transcritos durante a privação de ferro tem sido descritos através da técnica de “microarray”, entretanto através da técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. O isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênica em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter™ e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de ferro, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbpABC, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease e periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). A técnica de RNA-seq mostrou-se eficiente na identificação de transcritos diferencialmente expressos por P. multocida em condições de privação de Fe, o que pode auxiliar nos estudos de patogenicidade.
Resumo em lingua estrangeira: Iron (Fe) is an essential element and the ability to acquire it, in vivo, have been described in several pathogens such as virulence factors. Global analyses of transcripts during iron deprivation have been described by microarray studies, however, recently RNA-seq analysis shows superior results. The high pathogenic swine strain of Pasteurella multocida (BRMSA 1113) was grown in the two conditions with different concentrations of Fe (control and deprivation) in order to analyze the differentially expressed transcripts. The total RNA of the two conditions was extracted and sequenced by new generation Ion Torrent plataform. Data were analyzed in Ion Reporter ™ Software and processed in Rockhopper software. Sequence analysis shows 1,341,615 readings with median length of 81pb, with 96% of alignment to the reference genome Pasteurella multocida strain 3489, and 98.8% accuracy. Reads mapping to genome of P. multocida in these two conditions, detected 2,652 transcripts, which , 177 (6.7%) were differentially expressed, with 93 in the control condition (Fe +) and 84 provided with iron deprivation condition (Fe-). In condition (Fe-), differential expressed transcript profile were associated to function of cellular transport (fbpABC,, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease and periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+), transcptional regulators and hypothetical proteins. The control condition (Fe+) shows differential expressed transcripts profile associated to RNA anti-sense (asRNA) energetic metabolism genes (fructose-1,6-bisphosphatase). The technique of RNA-seq proved effective in identifying novel differentially expressed transcripts by P. multocida (BRMSA 1113) under conditions of Fe deprivation, which can assist in pathogenicity studies.
Palavra-chave: Pasteurelose
Expressão gênica
Privação de fé
RNA-seq
Sequenciamento de nova geração
Palavra-chave em lingua estrangeira: Pasteurellosis
Gene expression
Fé deprivation
RNA-seq
New generation sequencing
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA
Idioma: por
País: Brasil
Instituição: Universidade Federal de Mato Grosso
Sigla da instituição: UFMT CUC - Cuiabá
Departamento: Faculdade de Agronomia, Medicina Veterinária e Zootecnia (FAMEVZ)
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias
Referência: SILVA, Mayara Inácio Vincenzi da. Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condição de privação de ferro por sequenciamento de nova geração. 2015. 39 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal de Mato Grosso, Faculdade de Agronomia, Medicina Veterinária e Zootecnia, Cuiabá, 2015.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
URI: http://ri.ufmt.br/handle/1/719
Data defesa documento: 7-Aug-2015
Aparece na(s) coleção(ções):CUC - FAMEVZ - PPGVET - Dissertações de mestrado

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