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http://ri.ufmt.br/handle/1/2502| Tipo documento: | Dissertação |
| Título: | Simulação computacional do modelo HP generalizado para proteínas |
| Autor(es): | Santos, Fabrício de Sá Hora |
| Orientador(a): | Martins, Paulo Henrique Lana |
| Coorientador: | Bachmann, Michael |
| Membro da Banca: | Martins, Paulo Henrique Lana |
| Membro da Banca: | Cornelio, Marcio Fernando |
| Membro da Banca: | Cambuí, Dorilson Silva |
| Resumo : | Consideramos o modelo hidrofóbico-polar generalizado para proteínas nas redes quadrada e cúbica. Além da atração entre monômeros hidrofóbicos não ligados, o atual modelo também leva em conta uma interação entre unidades hidrofóbicas e polares. Utilizando o algoritmo PERM (pruned-enriched Rosenbluth method), investigamos uma sequência par- ticular composta por 42 monômeros e que tem sido proposta para simular as propriedades físicas da β-hélice paralela de pectato liase C. Para cada temperatura, o número total de cadeias geradas varia de 106 `a 107 . Observáveis físicos como o calor específico, a energia total, a distância de ponta a ponta, o raio de giração, e o número médio de interações do tipo hidrofóbico-hidrofóbico e hidrofóbico-polar, são avaliados para diferentes valores do parâmetros, que corresponde `a razão entre a energia de ligação entre um monômero hidrofóbico e um polar e a energia de ligação entre dois monômeros hidrofóbicos. Um pseudo diagrama de fases no espaço da temperatura T e do parâmentros ́e construído. |
| Resumo em lingua estrangeira: | We consider a generalized hydrophobic-polar model for proteins on square and cubic lat- tices. Besides the attraction between nonbonded hydrophobic monomers, the present model also takes into account an interaction between hydrophobic and polar units. By using the pruned-enriched Rosenbluth method (PERM), we investigate a specific poly- mer sequence composed of 42 monomers that has been proposed to simulate the physical properties of the parallel β-helix of pectate lyase C. For each temperature, the total number of generated chains varies from 106 to 107 . Physical observables such as speci- fic heat, total energy, end-to-end distance, radius of gyration, and the average number of hydrophobic-hydrophobic and hydrophobic-polar contacts, are evaluated for different values of the parameter s, which corresponds to the ratio between the hydrophobic-polar and the hydrophobic-hydrophobic contact energies. Eventually, a pseudo-phase diagram in the space of temperature and the ratio of contact energy scales is constructed. |
| Palavra-chave: | Monte Carlo HP PERM Transições de fase |
| Palavra-chave em lingua estrangeira: | Monte Carlo HP PERM Phase transitions |
| CNPq: | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICA |
| Idioma: | por |
| País: | Brasil |
| Instituição: | Universidade Federal de Mato Grosso |
| Sigla da instituição: | UFMT CUC - Cuiabá |
| Departamento: | Instituto de Física (IF) |
| Programa: | Programa de Pós-Graduação em Física |
| Referência: | SANTOS, Fabrício de Sá Hora. Simulação computacional do modelo HP generalizado para proteínas. 2016. 48 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Mato Grosso, Instituto de Física, Cuiabá, 2016. |
| Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
| URI: | http://ri.ufmt.br/handle/1/2502 |
| Data defesa documento: | 31-Mar-2016 |
| Aparece na(s) coleção(ções): | CUC - IF - PPGF - Dissertações de mestrado |
Arquivos deste item:
| Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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| DISS_2016_Fabrício de Sá Hora Santos.pdf | 1.47 MB | Adobe PDF | Ver/Abrir |
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